本发明公开了一种利用S蛋白假病毒评估新冠疫苗效果的方法，包括以下步骤：步骤一，构建；步骤二，检测；步骤三，评估；其中在上述步骤一中，根据国家生物信息中心2019新型冠状病毒信息库公布的SARS-CoV-2S蛋白基因突变位点分析数据，S蛋白的突变主要分为ACE2结合区域-非关键互作氨基酸、ACE2结合区域-关键互作氨基酸和非ACE2结合区域，随后选择数据库中变异位点毒株数量较多且传播范围较广的突变位点进行统计，根据Wuhan-Hu-1序列，且Wuhan-Hu-1序列号为GenBank: MN908947；该利用S蛋白假病毒评估新冠疫苗效果的方法，通过S蛋白主要突变位点进行分类统计后构建各种突变的新冠假病毒，并将组成的假病毒盘应用于SARS-CoV-2疫苗效果评估；因此该发明有利于更为全面的涵盖目前新冠突变株。